Después de actualizar a SQL Server 2008, también tendrá que actualizar estos ensamblados a la versión .NET Framework 3.5 ...

Después de actualizar a SQL Server 2008, también tendrá que actualizar estos ensamblados a la versión .NET Framework 3.5 SP1 mediante la instrucción ALTER ASSEMBLY. SQL Server 2008 no utiliza automáticamente los ensamblados de .NET Framework 3.5 SP1 de la caché de ensamblados global (GAC) ni los actualiza automáticamente en la base de datos, ya que esto podría dañar los datos almacenados dependientes de estos ensamblados. La integración con SQL Server 2008 CLR requiere ensamblados de la versión .NET Framework 3.5 SP1. La integración con SQL Server 2008 CLR generará un error si usa la versión .NET Framework 2.0 de estos ensamblados.
 
Encontrará más detalles en el artículo 949080 de Microsoft Knowledge Base.