Quando você habilita o agente baseado em token do Windows do AD FS, os tokens de segurança autorizados e os cookies de autenticação ...

Quando você habilita o agente baseado em token do Windows do AD FS, os tokens de segurança autorizados e os cookies de autenticação só podem ser enviados para aplicativos baseados em token do Windows que sejam gerenciados por esse site, diretório virtual ou aplicativo específico. 

Para habilitar e configurar o agente com reconhecimento de declaração do AD FS, você precisa usar o arquivo web.config do aplicativo com reconhecimento de declaração.